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アイテム
非計量多次元尺度構成法を用いたマイクロアレイ実験におけるノイズ低減
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/59065
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/590652c1cc676-4579-44b8-befa-865b5563e517
名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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![]() |
Copyright (c) 2006 by the Information Processing Society of Japan
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オープンアクセス |
Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
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公開日 | 2006-02-09 | |||||||
タイトル | ||||||||
タイトル | 非計量多次元尺度構成法を用いたマイクロアレイ実験におけるノイズ低減 | |||||||
タイトル | ||||||||
言語 | en | |||||||
タイトル | Noise reduction procedure for microarray experiments with non-metric multidimensional scaling method | |||||||
言語 | ||||||||
言語 | eng | |||||||
資源タイプ | ||||||||
資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
資源タイプ | technical report | |||||||
著者所属 | ||||||||
中央大学理工学部物理学科 | ||||||||
著者所属 | ||||||||
イリノイ大学物理学科 | ||||||||
著者所属(英) | ||||||||
en | ||||||||
Dept. Phys., Chuo. Univ. | ||||||||
著者所属(英) | ||||||||
en | ||||||||
Dept. Phys., UIUC | ||||||||
著者名 |
田口, 善弘
× 田口, 善弘
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著者名(英) |
Y-h., Taguchi
× Y-h., Taguchi
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論文抄録 | ||||||||
内容記述タイプ | Other | |||||||
内容記述 | マイクロアレイは遺伝子発現プロファイルの研究に広く使われているが、考慮された実験条件に関係する遺伝子は通常、ごく少数であり、殆どの遺伝子はノイズのもととなってしまう。通常は発現度の大小で遺伝子選択を行うが、一方で、発現プロファイルの解析には振幅を考慮しない相関係数が使われることもあり、この様な場合には解析自身に内部矛盾ができてしまう。我々は、最近、非計量多次元尺度構成法の新しいアルゴリズムを提案し、マイクロアレイなどの遺伝子発現実験に応用することを試みているが、同手法で遺伝子選択を行うことも可能であることを見出したので、ここにそれを報告する。 | |||||||
論文抄録(英) | ||||||||
内容記述タイプ | Other | |||||||
内容記述 | Although microarray experiments are widely used to investigate gene expression profiles, there are very few genes whose expressions levels are affected by the specific conditions being changed in an experiment. Thus, most gene expression changes are largely due to noise effects. The selection criterion for genes is often based on the level of gene expression. This may be inconsistent with the analysis which often uses correlation coefficients where the amplitude is ignored. We recently invented a new non-metric multidimensional scaling method (nMDS) algorithm and applied it to the analysis of gene expression profiles obtained from (say) microarray experiments. In this paper, we demonstrate that nMDS can be used as gene selection tool for gene expression profiles. | |||||||
書誌レコードID | ||||||||
収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
書誌情報 |
情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) 巻 2006, 号 13(2006-BIO-004), p. 9-16, 発行日 2006-02-09 |
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Notice | ||||||||
SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
出版者 | ||||||||
言語 | ja | |||||||
出版者 | 情報処理学会 |