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SVMによるGタンパク共役受容体と化学化合物の相互作用予測
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/92653
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/92653f7449454-bd47-4ed4-ab7a-b1180dc1886f
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO13034011.pdf (623.0 kB)
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Copyright (c) 2013 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2013-06-20 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | SVMによるGタンパク共役受容体と化学化合物の相互作用予測 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Interaction prediction method of G-protein-coupled receptor and chemical compound with SVM | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||
| 主題 | 一般（BIO） | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 早稲田大学理工学術院基幹理工学研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 早稲田大学理工学術院基幹理工学研究科 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Waseda University Faculty of Science and Engineering Department of Computer Science and Engineering | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Waseda University Faculty of Science and Engineering Department of Computer Science and Engineering | ||||||||
| 著者名 |
大野, 亮仁
藤, 博幸
山名, 早人
× 大野, 亮仁 藤, 博幸 山名, 早人
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| 著者名(英) |
Yorihito, Ohno
Hiroyuki, Toh
Hayato, Yamana
× Yorihito, Ohno Hiroyuki, Toh Hayato, Yamana
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | G タンパク共役受容体 (G-protein-coupled receptor，以下 GPCR) は，内在性リガンドと結合することで細胞外からの様々なシグナルを細胞内に伝達しており，新薬開発の重要なターゲットとして注目されている．しかし，GPCR と化合物の組合せは膨大であるため，計算機による正確な結合予測手法が求められている．先行研究として，GPCR を構成するアミノ酸配列全長が持つ化学的性質と化合物の化学的性質を用いて結合を予測する手法がある．しかし，GPCR には立体構造が既知のものがあり，その細胞外側の領域にリガンド結合部位が決まっている．よって，リガンド結合部位のアミノ酸が結合に強く影響を与えると考えたため，リガンド結合部位のアミノ酸に注目すべきと考えた．本研究では，全長配列を使用する代わりに，リガンド結合部位のアミノ酸のみを利用することで予測の改善を試みた．特徴量として結合部分のアミノ酸と化合物の化学記述子を用い，SVM により GPCR と化合物の結合を予測したところ，アミノ酸配列全長を用いた時に比べ Accuracy が 3.6%，F 値は 0.038，AUC は 0.002 向上した． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | G-protein-coupled receptors (GPCRs) are involved in the transduction of signals carried by the endogenous ligands into cytosolic regions, which are regarded as important targets to develop new drugs. Accurate prediction of interaction between GPCRs and chemical compounds is keenly required for drug development, because the number of the combinations of GPCR and the compounds is too large to be examined by experiments. Therefore, such computational approaches have been extensively investigated. One of the preceding studies by Okuno et al. had succeeded to achieve high performance in prediction by using the entire amino acid sequence of a GPCR and the chemical feature of a chemical compound. However, the amino acid residues involved in the ligand binding are quite limited. We estimate that the residues could strongly affect the binding. So, we identified the amino acid residues constituting ligand binding region from the 3D structure of GPCR. Then, we examined whether the use of the residues, instead of entire amino acid sequence, can improve the prediction. Support vector machine (SVM) was used for the prediction. Experimental result showed that the accuracy was improved by 3.6%, Fvalue was improved by 0.038% and AUC was improved by 0.002%, comparing to the approach by Okuno et al. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2013-BIO-34, 号 11, p. 1-7, 発行日 2013-06-20 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
