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テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択法に基づく低酸素時の遺伝子発現およびm6Aプロファイルの変化に関連する遺伝子の同定
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/225238
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/225238ebc6b9ff-8827-4d6d-bfa2-772346598788
名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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![]()
2025年3月2日からダウンロード可能です。
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Copyright (c) 2023 by the Information Processing Society of Japan
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非会員:¥660, IPSJ:学会員:¥330, BIO:会員:¥0, DLIB:会員:¥0 |
Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
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公開日 | 2023-03-02 | |||||||||
タイトル | ||||||||||
タイトル | テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択法に基づく低酸素時の遺伝子発現およびm6Aプロファイルの変化に関連する遺伝子の同定 | |||||||||
言語 | ||||||||||
言語 | jpn | |||||||||
資源タイプ | ||||||||||
資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
資源タイプ | technical report | |||||||||
著者所属 | ||||||||||
中央大学 | ||||||||||
著者所属 | ||||||||||
ヴェールール工科大学 | ||||||||||
著者所属(英) | ||||||||||
en | ||||||||||
Department of Physics, Chuo Univeristy | ||||||||||
著者所属(英) | ||||||||||
en | ||||||||||
Vellore Institute of Technology | ||||||||||
著者名 |
田口, 善弘
× 田口, 善弘
× サンジバン, シェカール ロイ
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論文抄録 | ||||||||||
内容記述タイプ | Other | |||||||||
内容記述 | 低酸素状態は様々な疾患の進行を促す重要な因子であるが,低酸素状態そのもののメカニズムは未だ不明である.近年,m6A が低酸素を駆動する重要な因子であることが提唱されている.前報 (Wang et al, RNA Biology, 2021) での解析は成功したものの,潜在的な遺伝子は統計的な有意性をもって選択されたわけではなく,フォールド変化のみに基づいて選択された.遺伝子数が多い一方でサンプル数が少ないため,従来の特徴抽出手法では統計的に有意な遺伝子の抽出が不可能であった.本研究では,最近提案された主成分分析(PCA),テンソル分解(TD),カーネルテンソル分解(KTD)に基づく教師なし特徴抽出(FE)を低酸素データセットに適用した.その結果,PCA,TD,KTDに基づく教師なし特徴抽出により,遺伝子発現や m6A プロファイルの変化と関連する限られた数の遺伝子,および低酸素に関連する生物学的用語の濃縮を,統計的有意性を改善しながら見出すことに成功した. | |||||||||
書誌レコードID | ||||||||||
収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
収録物識別子 | AA12055912 | |||||||||
書誌情報 |
研究報告バイオ情報学(BIO) 巻 2023-BIO-73, 号 15, p. 1-6, 発行日 2023-03-02 |
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ISSN | ||||||||||
収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
収録物識別子 | 2188-8590 | |||||||||
Notice | ||||||||||
SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
出版者 | ||||||||||
言語 | ja | |||||||||
出版者 | 情報処理学会 |
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Cite as
田口, 善弘, サンジバン, シェカール ロイ, 2023, テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択法に基づく低酸素時の遺伝子発現およびm6Aプロファイルの変化に関連する遺伝子の同定: 情報処理学会, 1–6 p.
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